2.Argumento de la Saga.

Encuadre de la historia

Toda la saga de Metal Gear Solid se basa indirectamente en la existencia de un grupo de personas altamente influyentes, los cuales pertenecen a las altas esferas de la economía y la política mundial, denominada The Patriots.

A lo largo de la saga, este grupo va adquiriendo cada vez mas poder y encamina a la economía global a lo que en el juego se denomina economía de guerra. Llegan a construir una verdadera industria alrededor de cada una de los conflictos bélicos que se dan en el mundo, vendiendo armas y dispositivos a unos y a otros o incluso vendiendo soldados a los ejércitos  como si de hormiguitas se tratasen. Su poder llega hasta tal punto que consiguen crear una red de vigilancia, basada en nano-tecnología, mediante la cual los comandantes de los ejércitos pueden comprobar y monitorizar las actividades de cada uno de sus soldados.

El/los protagonistas de la saga (Ya que los dos grandes protagonistas son uno un clon del otro) son prácticamente terroristas a los ojos de las grandes potencias, puesto que su único objetivo es acabar con la hegemonía de este grupo influyente  para así acabar con la economía de guerra. En un principio los dos protagonistas pertenecen a grupos secretos asociados a los EE.UU., sin embargo, después de varias experiencias y al comprender la gravedad del asunto, se vuelven independientes y comienzan su lucha contra Los Patriotas.

Historia de Metal Gear Solid 3

Metal Gear Solid 3 comienza con una secuencia en la que Jack o Naked Snake, se lanza desde un avión en paracaídas sobre suelo soviético. Ambientado en 1964, tras la Crisis de los Misiles de Cuba y el asesinato del presidente Kennedy, las tensiones políticas entre Estados Unidos y la Unión Soviética se han agravado, y cualquier conflicto podría ser el detonante de una Tercera Guerra Mundial. La misión de Jack consiste en infiltrarse en la jungla soviética para rescatar al doctor Nikolai Stepanovich Sokolov, quien antes de desertar de la Unión Soviética estaba al cargo del desarrollo de una nueva arma nuclear que puede cambiar el equilibrio de poderes. 

Jack pertenece a la Unidad de Fuerzas Especiales Fox, especializada en misiones de infiltración especializado en misiones de un solo hombre, con los agentes mejor entrenados del mundo, sus agentes son adiestrados para armarse con todo lo que encuentren en su camino, para, en caso de que sean capturados, no puedan ser identificados a través de su armamento. Esta misión es denominada Misión Virtuosa, de ella depende el futuro de la Unidad. Jack recibe el nombre en clave de Naked Snake (Serpiente Desnuda), pues es arrojado en territorio soviético completamente desarmado.

Recibirá apoyo por radio del mayor Zero, jefe de la unidad, Paramedic, joven agente médico, y The Boss, antigua mentora de Jack y heroína de la Segunda Guerra Mundial. 

Snake no tarda mucho en encontrarse con Sokolov, entonces se dispone a llevarlo al punto de rescate, pero se encuentra con el mayor Ocelot, quien confunde a Jack con The Boss. Éste será el primer enfrentamiento entre Snake y el joven Ocelot, en el que siempre perderá Ocelot. Tras despachar a Ocelot, aparece The Boss, quien ha desertado en favor de la Unión Soviética, uniéndose al grupo militar del coronel Volgin, entregándole un lanzamisiles portátil y dos mini-cabezas nucleares. A continuación, la antigua unidad de The Boss secuestra a Sokolov, y Snake es arrojado a un río por The Boss.

La espectacular arma en la que estuvo trabajando Sokolov, era el tanque bípedo Shagohod, capaz de lanzar un ataque nuclear contra Estados Unidos desde cualquier lugar de la Unión Soviética. Volgin roba el Shagohod de la antigua planta de investigación de Sokolov, con el objetivo de hacerse con el control político de la Unión Soviética e iniciar una nueva guerra contra los Estados Unidos. Pero entonces, lanza una mini-cabeza nuclear contra la planta de investigación, sabiendo que se culpará a los Estados Unidos. 

Tras pasar una semana en la UCIs, Snake regresa a territorio soviético con órdenes de recuperar a Sokolov, destruir o inhabilitar el Shagohod, acabar con Volgin, y asesinar a The Boss para demostrar la inocencia de los Estados Unidos. Esta misión será llamada Misión Snake Eater (Comedor de Serpientes), pues también deberá acabar con los miembros de la antigua unidad de The Boss, los COBRAS. Del éxito o fracaso de la Misión Snake Eater dependerá que estalle un conflicto nuclear a nivel mundial. 

Habiendo detectado la aeronave americana que volaba sobre suelo ruso, los Estados Unidos son declarados  responsables de los ataques atómicos, ambas naciones al borde de una guerra nuclear. En una conferencia secreta entre EE.UU. el Presidente Lyndon Johnson y el Primer Ministro soviético Nikita Kruschev, idean un trato para demostrar la inocencia de los EE.UU. y restablecer la paz. Los Estados Unidos se compromete a poner fin a los renegados de la facción de Volgin, destruir el Shagohod robado y eliminar a la desertora americana, The Boss. 

Una semana después de haber sido rescatados de la región, Snake se redistribuyeron en la selva rusa como parte de la Operación Snake Eater, a cumplir con los Estados Unidos' promesas. Durante la misión, él gana la ayuda de otro desertor americano, ex agente de la NSA: EVA, que desertó hace algunos años. Después de numerosos encuentros con la Unidad de élite de Ocelot (dirigido por Ocelot), y derrotar a cada uno de los miembros de la Unidad  Cobra, Snake consigue localizar Sokolov y el Shagohod robado, sólo para ser capturados en la fortaleza militar de Volgin, Groznyj Grad. Después de presenciar la aparente muerte de Sokolov, Snake es torturado y pierde  su ojo cuando Ocelot dispara a EVA; Snake en última instancia, se escapa. 

Cuando regresa a las instalaciones para destruir el Shagohod, Snake conoce de la existencia de Los filosofos Formada por los más poderosos hombres en los Estados Unidos, la Unión Soviética y China, que son una especie de Illuminati. Sin embargo, tras el final de la Segunda Guerra Mundial, comenzaron a luchar entre ellos, y la organización se rompió. El dinero, $ 100 millones (aproximadamente $ 1 billón de hoy una vez hechos los ajustes por inflación), que habían acumulado para financiar sus guerras, llamado El Legado de los Filósofos, fue dividido y escondido en los bancos de todo el mundo. Volgin había heredado ilegalmente Este dinero, y la Snake comprende que los EE.UU. está tratando de recuperarla. 

Snake continúa su misión, la destrucción de la instalación y el tanque de Shagohod. Volgin es asesinado durante la trifulca. Snake y EVA llegan a un lago donde se oculta un vehículo anfibio. Antes de usarlo para escapar de la región, Snake se enfrenta a su antiguo mentor, The Boss, a quien se debe matar para completar su misión. Después de una batalla emocional, Snake vence sus sentimientos y sus derrotas y mata a su mentora.

Él y EVA escapan a Alaska, y pasar la noche juntos. Durante la noche EVA desaparece, y deja una cinta que revela ser un espía chino enviado a robar el Legado de Filósofos de China. La cinta continúa, y EVA revela que The Boss no desertó a favor de la Unión Soviética; Por el contrario, Ella estaba bajo las órdenes de hacerse pasar por una traidora por lo que podría infiltrarse en las filas de Volgin y encontrar la ubicación del Legado, que podrían ser devueltos a los Estados Unidos. La parte final de su misión fue de sacrificarse y morir en manos de Snake, con el pretexto de un ser una traidora, para demostrar la inocencia de los EE.UU.
Al finalizar la misión se le concede a Snake el título de "Big Boss"

Transición entre Metal Gear Solid 3 y Metal Gear Solid 1

Después de la operación Snake Eater, Ocelot dio la parte que había recuperado del legado de los filósofos al presidente de la CIA. Sin embargo, casi a la misma vez se formo el grupo de Los Patriots, cuyos integrantes eran las mismas persona que regresaron de la misión Snake Eater y que querían seguir los ideales de The Boss.

Estos personajes querían promover un patriotismo no violento y llegar a alcanzar al menos un pacto entre las grandes potencias del mundo para no volver a luchar entre ellas. Ocelot mato al presidente de la CIA y con el dinero del legado se empezó a financiar el grupo de The Patriots.

Por otra parte, los ideales del Mayor Zero no eran tan ortodoxos y su ansia de poder fue en aumento. Es por esto por lo que la mayor parte de los integrantes del grupo al final lo dejaron de lado, siendo el 1º  The Big Boss y poniéndose en el punto de mira de Zero desde que que dejo el grupo.

Años despues de estos acontecimientos The Big Boss entro en coma y fue raptado por el gobierno de los EE.UU. Mientras estaba en este estado se decidió tomar muestras de su ADN para reproducirlo artificialmente. Este proyecto fue llamado ''Les Enfants Terribles'' y mediante el mismo se formaron tres clones genéticamente idénticos a Big Boss: Solid Snake, Likid Snake y Solidus Snake.

The Boss deja The Patriots, pero se sigue encargando de una unidad de fuerzas especiales llamada FOXHOUND, de la cual Solid Snake es un recluta. Sin embargo Solid Snake no sabe nada de su origen.

Historia de Metal Gear Solid 1

Solid Snake ha de infiltrarse en la base de la isla de Shadow Moses en Alaska, donde algunos integrantes el grupo de élite: FOXHOUND se han rebelado y amenazan con usar Metal Gear Rex, un tanque bípedo capaz de lanzar una cabeza nuclear a cualquier punto del planeta. En la historia aparte de Snake sobresalen otros personajes como Liquid Snake, su hermano gemelo, Meryl Silverburgh, la sobrina del Coronel, y Hal "Otacon" Emmerich, un gran científico creador de Metal Gear Rex.

El periodo de paz augurado en Metal Gear 2 no se materializa, y para el año 2005, el despliegue nuclear está de nuevo de plena actualidad. Un grupo de terroristas secuestra una instalación militar de Estados Unidos en la isla Shadow Moses, (Alaska), mientras se lleva a cabo allí una serie de ensayos con respecto a una nueva arma secreta. Es interesante ver que el grupo está liderado por los agentes renegados de Fox Hound, procedente de la antigua unidad de Solid Snake. Se toma como rehenes a importantes funcionarios del gobierno y de empresas presentes para observar los ensayos. Las exigencias de los terroristas son sencillas, aunque un poco desconcertantes: si no les entregan los restos de Big Boss dentro de un plazo de veinticuatro horas, procederán al lanzamiento de una cabeza seminuclear. El antiguo comandante de FoxHound, Roy Campbell, llama de nuevo a Solid Snake para que se infiltre en la base, rescate a los rehenes y desactive la capacidad nuclear de los terroristas.

Snake queda impresionado al descubrir que el líder de esta insurgencia es Liquid Snake, un agente con el mismo nombre en código Snake que él y características físicas casi idénticas. Junto a Liquid está un grupo de los mejores agentes de Fox Hound, compuesto por:

·      Revolver Ocelot: Especialista en torturas. Su habilidad con el revólver lo convierte en un perfecto pistolero (de ahí su nombre). Su avanzada edad no lo perjudica en nada al momento de disparar.

·      Psycho Mantis: El psíquico del equipo. Sus habilidades son la telequinesis y la telepatía esto lo hace unos de los más fuertes de FOXHOUND.

·      Vulcan Raven: Un aborigen norteamericano con fuerza sobrenatural y espiritual, puede invocar a los espíritus animales para sus propósitos.

·    Sniper Wolf: Una mujer de origen kurdo que es excelente en el manejo del rifle de precisión y que siempre va acompañada de lobos, de ahí el nombre.

·      Decoy Octopus: Es el maestro del disfraz. Cambia su contorno físico y se inyecta la sangre de quien quiere imitar para llegar a parecerse a dicha persona. Imita la voz de cualquier persona al 100%.

·      Liquid Snake: Es el Líder del grupo FoxHound, dirige una legión de soldados Genoma, tropas cuyos genes han sido condicionados para aumentar sus atributos físicos. A la vista de esta capacidad de manipular genes, quedan claras las exigencias de los terroristas con respecto a los restos de Big Boss, el «soldado legendario».

Snake pasa con éxito la seguridad de la base y encuentra a los rehenes, descubriendo que los ensayos que se llevan a cabo en la isla se realizan para un nuevo modelo de Metal Gear, apodado Rex. La misión de Snake es ahora de búsqueda y destrucción. En su búsqueda de Metal Gear Rex, se cruza con varias figuras interesantes, incluida Meryl Silverbough, que en este juego se nos da a conocer como sobrina de Roy Campbell y soldado sin experiencia, y Hal "Otacon" Emmerich, el científico a cargo del proyecto Metal Gear Rex. Snake y los terroristas también se ven acechados por un misterioso ninja con un exoesqueleto cibernético, que después resulta ser Gray Fox, al que se creía anteriormente muerto.

Tras derrotar a todos los ex-agentes de Fox Hound (a excepción de Revolver Ocelot, que escapa tras perder su mano derecha con el Ninja), Snake destruye a Rex. Entonces, Liquid Snake se enfrenta a él, revelando el terrible secreto sobre el linaje al que ambos pertenecen. Ambos son experimentos genéticos, producto del proyecto Les enfants terribles («Los niños terribles»), diseñados por científicos a partir del material genético del soldado perfecto, Big Boss. A pesar de sus impulsos morales para no hacerlo, Solid Snake existe únicamente para luchar. Tras una escapada al límite y la supuesta muerte de Liquid, Snake y Meryl u Otacon (dependiendo de si resistes o no la tortura de Revolver Ocelot salvas a uno u otro personaje) cabalgan una vez más hacia la puesta de sol.

Tras los créditos finales, el jugador recibe la sorpresa de una breve transmisión del fugitivo Revolver Ocelot para el presidente de Estados Unidos. Queda claro que Ocelot ha sido un doble agente todo el tiempo.

Historia de Metal Gear Solid 2

Sons of Liberty arranca dos años después de los eventos de Shadow Moses. Ahora, Solid Snake, Otacon, Mei Ling y Nastasha Romanenco (desaparecida) son miembros de la ONG Philanthropy, una entidad que lucha para exterminar las copias de Metal Gear que han surgido desde el modelo Rex. Todas las naciones con suficiente prestigio cuentan ya con su propia versión de la máquina gracias a la filtración por parte de Ocelot en el mercado negro de los diseños originales. Snake se infiltra entonces en el buque Discovery en el que se supone se encuentra un nuevo modelo, anfibio, y creado con la intención de exterminar a las demás máquinas. Poco después, un grupo de soldados rusos bajo el mando de Sergei Gurlukovich y Revolver Ocelot secuestran el carguero y toman el control.

Dos años después de lo ocurrido en el buque, un grupo terrorista llamado Sons of Liberty toma la planta de descontaminación Big Shell, haciendo rehén al presidente de los Estados Unidos, James Johnson. Para solucionar la crisis, FOXHOUND envía a su nuevo soldado, Raiden. Su misión es infiltrarse en la instalación, rescatar a Johnson, y acabar con la amenaza terrorista. Así, el joven se adentra en la batalla, solo.

Historia de Metal Gear Solid 4

La historia se sitúa en el año 2014, cinco años después del Incidente Manhattan acontecimientos ocurridos en el capítulo de la Planta de Metal Gear Solid 2; y nueve años después de que FOXHOUND asaltara la isla de Shadow Moses, en donde Solid Snake fue inyectado con un retrovirus llamado FOXDIE. Solid Snake aparece considerablemente envejecido debido a su avanzada degeneración celular, establecido desde un principio en el proceso de clonación que lo creó, y ahora tiene solo seis meses de vida. Metal Gear Solid 4 retrata un mundo donde el dominio militar en tierras extranjeras es el objetivo para dominar la economía, llevando a mercenarios a pelear grandes batallas con fines financieros mediante las PMC.

La economía mundial del siglo XXI ahora depende de la guerra. Sin embargo, cinco de las grandes PMCs están empeñadas en formar una sola gran compañía: Outer Heaven, nombre de la compañía de mercenarios de Big Boss y fortificada nación en el juego Metal Gear. Esta organización está al mando de Liquid Ocelot, quien tiene la capacidad de tomar el control total sobre las nanomáquinas de los soldados. Su objetivo es acabar con los Patriots y para ello se hace con el control de las PMC, últimos brazos de poder de los Patriots. Al desconectar los nanobots de los soldados, los patriots perderían su último vestigio de poder, quedando destruidos. Se sabe que Outer Heaven tiene acumulado un capital militar equivalente al que tiene Estados Unidos, y ahora está preparando lanzar un arma nuclear. Con el mundo una vez más en crisis, Solid Snake es reclutado por Roy Campbell (la ONU le pide ayuda a Snake para detener a Liquid), acompañado por el Dr Hal Emmerich, alias Otacon. Su misión tendrá lugar en cinco localidades alrededor del mundo: Medio Oriente, Sudamérica, una ciudad europea, Shadow Moses y Outer Heaven, una fortaleza flotante (basada en Arsenal Gear) donde está el sistema GW y donde se refugia Liquid Ocelot.

Acto 1: Liquid Sun

Old Snake comienza su misión de infiltración en una ciudad del Medio Oriente devastada por la guerra con un convoy de la milicia local. La milicia es bloqueada por una de las tropas de Praying Mantis una de las PMC de Liquid. Después el convoy es diezmado por las tropas y por losMetal Gear Gekko. Snake se reúne con Metal Gear Mk. II un robot espía desarrollado por Otacon para ayudarlo remotamente, y recibir órdenes de encontrase con los informantes de Campbell, Rat Patrol Team 01. En el camino al punto de encuentro, Snake se encuentra con Drebin 893, un auto-proclamado comerciante de armas que ofrece sus servicios de vendedor y desbloqueador de éstas. Snake acepta después de mucha vacilación, y Drebin le inyecta con lo que el dice es un supresor de nanomáquinas. Después del encuentro, Snake se encuentra con Rat Patrol en el abandonado hotel Advent Palace y se sorprende al saber que Meryl Silverburgh es la líder del equipo. Después Snake y Meryl hablan de sus misiones y el pasado, el Advent Palace es asaltado por los soldados de élite de Liquid, los FROGs. Rat Patrol, con la ayuda de Snake, escapan del edificio. Snake continúa hacia el campamento principal de praying Mantis, donde encuentra a Liquid, y prepara su intento de asesinato. Antes de que pueda llevar a cabo su objetivo, una fuerza desconocida hace que los soldados del área colapsen y empiecen a atacarse el uno al otro. Cerca los miembros del Rat Patrol también se ven afectados. Liquid escapa en su helicóptero, Snake también colapsa, y su visión se desvanece, no sin antes recibir la visita de la Dra. Naomi Hunter, quien le da una jeringuilla. Snake es llevado lejos a un lugar seguro por Johnny Sasaki, el único miembro del equipo de Meryl (Rat Patrol 1) que no se vio afectado.

Acto 2: Solid Sun

A raíz del rescate de Snake, Otacon recibe un mensaje codificado de Naomi, que explica que ella fue secuestrada y llevada a América del Sur. Al llegar se da cuenta de que Vamp, un enemigo con el que había luchado junto con Raiden en el incidente de Manhattan, había aparecido ocasionando algunas muertes con la ayuda de Laughing Octopus. Después de que se fueron Snake planea aprovechar las ventajas de un levantamiento rebelde para así, pasar en la base de Pieuvre Armement, otra base manejada por Liquid, donde Naomi se encuentra. Snake se infiltra en la zona y una vez más se encuentra con Drebin, quien revela que los Patriots son en realidad una red de cinco IA. También le revela que hay un equipo élite conocidos como B&B (Beauty and Beast) formado por: Laughing Octopus, Raging Raven, Crying Wolf y Screaming Mantis; y todos tienen órdenes de matar a Snake. Después Snake se encuentra con Naomi. ella le explica que Líquid ha planificado el uso del ADN de Big Boss para encontrar a JD y tomar el control de SOP (Sons of the Patriots), el sistema de nanomáquinas y ID-autenticaciones que permiten a los Patriots vigilar y controlar a los soldados. También explica que el envejecimiento de Snake se debe a la manipulación intencionada de los genes de Big Boss al momento de hacer los clones (Liquid, Solid y Solidus), y que tiene una corta vida útil; ella calcula que tiene al menos medio año de vida aún. Sin embargo, acotó que su vida era lo que menos le preocupaba ya que el hecho de que el virus FOXDIE este en su cuerpo (Snake) crea una mutación el cual ya ha comenzado y se estima que en 3 meses, el virus haya mutado lo suficiente como para atacar a todos, no sólo a las personas a las que esta programado a matar; se ha convertido en "un arma biológica ambulante". Inmediatamente después de esta conversación, un grupo de FROGs dirigidos por Laughing Octopus tomaron distancia, dejando a Snake en batalla con Laughing Octopus, Snake logra ganar y consigue el FaceCamo (Camuflaje facial con las características del OctoCamo, además puede cambiar su cara a gusto). Snake rescata a Naomi y escapan con Drebin, luego son defendidos por Raiden, que reaparece misteriosamente como Cyborg Ninja después de desaparecer durante varios años. Raiden mantiene fuera a numerosos Gekkos y a un resucitado Vamp, mientras Otacon y Snake rescatan a Naomi a través de un helicóptero, pero este es gravemente herido en el proceso. Raiden saltó al helicóptero pero pronto pierde la conciencia; antes de desmayarse le dice a Snake, que tiene que ir a buscar a "Big Mama", la líder de un grupo de resistencia anti-PMC con sede en Europa del Este.

Acto 3: Third Sun

En el Nomad, Naomi explica a Snake que Big Boss está vivo, aunque padece muerte cerebral. Su cuerpo está en control del grupo de resistencia Lost Paradise, en Europa del Este. Mientras Snake localiza el grupo, Naomi y Sunny llevan a Raiden al Dr.Madnar para que le realice una diálisis que le permita sobrevivir. Snake sigue a un miembro del grupo de la resistencia Lost Paradise y consigue encontrar a su líder, Big Mama, que revela ser EVA, la madre de Liquid y Solid Snake. Mientras EVA le explica a Snake los orígenes de Big Boss, la operación Snake Eater y la historia de los Patriots (fundados por Mayor Zero) y le muestra el cuerpo de Big Boss, un equipo de robots espía descubren su escondite y se ven obligados a huir en motocicleta, con furgonetas de señuelo para que no consigan el cuerpo de Big Boss. Al final de la persecución, tras un accidente en la motocicleta, EVA resulta herida. Después de una batalla, Snake derrota a Raging Raven (que encabezaba el grupo perseguidor del cuerpo de Big Boss). Tanto él como Big Mama escapan por un alcantarillado que conecta con el río Volta, mientras son observados por los robots espías. Allí les espera Liquid, y muestra su poder sobre la IA SOP incapacitando a todo un ejército de las tropas estadounidenses gracias a que tiene el poder de bloquear el sistema el control de su nanomáquinas. Después de esto derrota a todo el ejército e incinera el cuerpo de Big Boss, Big Mama se ve gravemente quemada tratando de rescatar el cuerpo de Big Boss. El lado izquierdo de la cara de Snake también resulta mal herida al rescatarla de las llamas. Liquid huye por el río y EVA muere a en los brazos de Snake. Aun así el Metal Gear Mk.II consigue colarse al barco de Liquid. Y después de recaudar información descubren al Metal Gear Mk. II y se deshacen de él.

Acto 4: Twin suns

El plan final de Liquid es destruir JD, la IA básica de los Patriots, para poder tomar el control de la red de los Patriots con GW (Liquid, que al parecer reparo y se hizo con el control poco después de los incidentes de Manhattan). Con este fin, Liquid planea utilizar armas de destrucción masiva en contra de los Patriots, lanzar una cabeza nuclear a la JD (IA básica) utilizando la Rail Gun de Metal Gear REX. Snake vuelve a la isla de Shadow Moses (donde tiene un sueño sobre Metal Gear Solid) , donde REX se ha mantenido en los nueve años después de los acontecimientos de Metal Gear Solid, para evitar que Liquid robe la Rail Gun de REX. Después de derrotar Crying Wolf y a un escuadrón de FROGs, Snake llega al Hangar donde se encuentra el Metal Gear REX, pero se da cuenta que la Rail Gun ya ha sido robada. En el hangar, Snake es atacado por Vamp (acompañado de Naomi, que había escapado del Nomad y desertado de nuevo a favor de Liquid) hasta la oportuna llegada de Raiden. Snake suprime la nanomáquinas en el cuerpo de Vamp que causa su aparente inmortalidad, y lucha frente a una unidad de Gekko's mientras que Raiden derrota y mata finalmente a Vamp. Naomi, llena de culpa y remordimiento sobre todos los pecados que ha cometido durante su vida, termina su vida al desactivar las nanomáquinas que habían sido previamente instaladas para reprimir los efectos del cáncer que normalmente la habría matado años atrás. Con la ayuda de Metal Gear Mk. III (Otacon lo construye antes de que Snake volviera a Shadow Moses), Otacon logra reactivar a REX, y Snake y Raiden lo pilotan para escapar de la construcción mientras que los Gekko's se autodestruian. Raiden, que defendía la parte trasera de REX, quedo atrapado en un montón de escombros, mientras que Snake utiliza el Metal Gear REX para luchar contra el Metal Gear RAY, dirigido por Liquid. Después de la lucha Liquid revela su arma definitiva: una fortaleza basada en el Arsenal Gear, llamado "Outer Heaven" (Al igual que la fortaleza de Big Boss), con el RailGun de REX montada sobre esta. Liquid intenta aplastar a Snake que esta paralizado en el muelle, pero Raiden corta su propio brazo para escapar de los escombros y es capaz de restringir temporalmente el buque con su fuerza de Cyborg Ninja, lo que permite escapar a Snake con vida, pero aplasta a Raiden en el proceso.

Acto 5: Old sun

A bordo del Missouri, Mei Ling planea ponerse al día con Outer Heaven, que necesita esperar hasta que esté físicamente lo más cerca del JD como sea posible con el fin de obtener la mayor precisión de tiro con el Rail Gun. El equipo de Snake, Meryl y Johnny se crea con el fin de infiltrarse en GW y cargar un virus que destruirá la AI de los Patriots. Al infiltrarse en el buque, Snake derrota a Screaming Mantis, que manifiesta que le han implantado la personalidad de Psycho Mantis. Después de la batalla, Snake planea quedarse y luchar contra los FROGs, pero Meryl insiste en que continue y desactive el sistema SOP. Snake le pide perdón a Meryl, que le asegura que volverá a reunirse en el exterior. Snake se acerca al final del corredor a GW, donde es emboscado por FROGs, pero es salvado una vez más por Raiden, que todavía está vivo pero le faltan ambos brazos. En una escena que recuerda las agotadoras "torturas" de los anteriores juegos de la serie, el jugador rápidamente tiene que apretar "triángulo" cuando Snake hace su camino a través de un pasillo forrado con emisores de microondas que casi lo queman vivo y destruyen su traje de OctoCamo. A pesar de que Snake se ve gravemente debilitado por la exposición al calor y abrumado por las interrupciones de innumerables Gekkos, Otacon toma el control del Mk. III para cargar el virus. El virus entra en GW inesperadamente como un conducto para infectar toda la red de IA, la destrucción de las cinco IAs de los Patriots, SOP y desactivar todos los sistemas militares de aplicación en todo el mundo, incluidos los de Liquid, salvar la vida de Raiden, Meryl, Johnny y todo el personal a bordo del Missouri que fueron objeto de un ataque de Outer Heaven y Metal Gear RAY. Luego, una grabación en vídeo de Naomi explica a Snake y Otacon que el SOP es sólo el comienzo de los planes de los Patriots, y que tenían la intención de aplicar namomaquinas, para tomar el control de todo el mundo. Naomi explica que ella y Sunny diseñaron el virus como la antítesis a FOXDIE; como los utilizados en nanomáquinas SOP tecnológicos derivados del FOXDIE. Por esta razón, el nuevo virus fue nombrado "FOXALIVE". La programación de Sunny también se aseguró de que en la destrucción de las IA de los Patriots, SOP y la economía de guerra, FOXALIVE preserve el control de los sistemas vitales, como también el agua, el aire, las telecomunicaciones e Internet.

Los EE.UU. Marines tenían más de las que acaban de dejar indefenso a Outer Heaven, su tripulación desactivada y sus soldados en un estado de retiro de las SOP nanomáquinas. En la confusión, Ocelot toma a la vela de Outer Heaven y le agradece el cumplimiento de los propios objetivos de Liquid. Su plan para el uso del RailGun de REX era sólo una desviación a fin de que los propios intentos de Snake de derrocar el sistema pasaran desapercibidas de los ojos de los Patriots, que había previsto la intención de Snake de detener a Liquid. Ocelot ha permitido que Liquid viviera dentro de su cuerpo a través del uso de la hipnosis y auto-sugerencia, lo que permite que Liquid pueda seguir su propia pelea contra los Patriots, así como el feudo entre los dos hijos de Big Boss. Ocelot permitió la personalidad para llevar a cabo su plan contra los Patriots, a sabiendas de que JD sería la asignación de sus recursos en detener a Liquid y no en la prevención de la subida de FOXALIVE. Después de esta revelación, la personalidad de Liquid declara que tienen "una deuda que resolver", y actúa sobre su último deseo en el cuerpo de Ocelot: Una Lucha sin armas contra Solid Snake, siendo esta un especie de Revancha desde la pelea que tuvieron arriba de REX en Metal Gear Solid.En esta pelea entre Solid Snake y Liquid Snake en la plataforma más alta de Outer Heaven, Antiguas Canciones de la Saga son Usadas, además de usar también los diseños de barras de vida de las anteriores entregas. A medida que la pelea avanza se comienzan a notar cambios en el estilo de pelea de Liquid, pareciéndose mas a los de Ocelot en MGS3 (aparte de la barra de vida de Liquid, que comienza señalando Liquid, luego Liquid Ocelot, hasta llegar a simplemente Ocelot). Liquid es derrotado por última vez, desapareciendo su personalidad y con ello, hace regresar a Ocelot. Sus últimas palabras son "You're pretty good" ("Eres muy bueno", recordando su "taunt" (burla o gesto característico) contra Solid Snake de Metal Gear Solid y que se vio ante Naked Snake durante los acontecimientos de Metal Gear Solid 3: SNAKE EATER).

Epílogo: Naked sin

En el epílogo, Meryl y Johnny se casan. Su boda es celebrada en un aeródromo, a la que asistieron los miembros de la Rat Patrol 01, Otacon, Sunny, Drebin, Mei Ling y Campbell. Meryl se reconcilia con Campbell y, finalmente, lo acepta como su padre. El cuerpo de Raiden se libera de las nanomaquinas de los Patriots y vuelve a su forma original, la humana, dejando de ser un Cyborg Ninja, y se reúne con su esposa Rosemary y su hijo John, a quien Rosemary ha mentido. Rosemary revela que su matrimonio con Roy Campbell era una farsa para mantener protegido a su hijo John de los Patriots, mientras Raiden hacia sus misiones . La escena cambia a Solid Snake, que se encuentra el el cementerio donde están las tumbas de Gray Fox y The Boss, apunto de suicidarse, para así poder evitar que el virus Foxdie se propage y mate a la comunidad, siendo esta, según él, su "última misión", luego la cámara se aleja y se escucha un balazo. Mientras tanto, Drebin revela a Otacon que la Rat Patrol 01 (que, en su forma abreviada ("RAT PT 01"), es un anagrama de "PATR10T") había sido manipulada por la Patriots detrás del escenario. Sunny regala el Mk. III a un niño, y le pide a Otacon que la lleve a donde Snake, pero como Otacon sabia que Snake estaba en el cementerio tratando de suicidarse, le responde que "Snake ha tenido una vida dura", "Ya es hora de que descanse". Luego empiezan los créditos y al final aparece el nombre de una persona que no se mostró durante todo el juego...

Debriefing: Naked Son

De vuelta en el cementerio, vemos a un Snake agobiado que no se pudo suicidar, luego escucha una voz familiar que le dice que hizo lo correcto al no hacerlo. Un desconcertado Snake gira y encuentra a Big Boss de pie frente a él, ileso. Este comienza a acercarse a Snake, armado con la Patriot, la ametralladora modificada de The Boss. los dos tienen una pequeña pelea CQC, donde Big Boss desarma a Snake y le da un abrazo paternal, y le dice que deje las armas para que viva lo que le queda de vida. Big Boss le dice a Snake que el cuerpo quemado en el Rio Volta fue el de Solidus Snake (eran idénticos físicamente y genéticamente), y que su cuerpo fue reconstruido mediante cirugía utilizando partes y órganos de Solidus y Liquid Snake, explica que se ha mantenido vigente debido a la amplia nanotecnología que posee, similar a la utilizada para restringir los cuerpos de The Beauty and the Beast Unit. Luego, muestra a Mayor Zero junto a él, que ahora es un anciano de 105 años y postrado en una silla de ruedas en estado vegetal.

Big Boss explica que él y Zero fundaron los Patriots para seguir los ideales de The Boss, junto con EVA, Ocelot, Sigint y Para-Medic. Pero como los Patriots se convirtieron cada vez más influyentes en la sociedad, Zero se convirtió en un megalómano, obsesionado con la uniformidad y la supresión de la individualidad, pero Big Boss al darse cuenta de que Zero se creía superior y ya no le importaban los ideales de The Boss, crea Outer Heaven, para seguir los mismos ideales de The Boss. Big Boss fue seguido por EVA y Ocelot, que se unió a él en su lucha por poner fin a los Patriots. Como Zero se convirtió en anciano, pensó en un plan para que los Patriots siguieran a su mando después de su muerte, gasta toda su fortuna en dejarlo en manos de JD y el los proxies IA (Inteligencia Artificial), que además interpretó erróneamente la voluntad de Zero y totalmente alienados de sí mismos la voluntad original de The Boss. JD estaba buscado formas para controlar a las masas mediante la manipulación de la economía, (que conducen a la economía de guerra), la información digital (lo que llevaría a la creación del Arsenal Gear) y, finalmente, personalidades (que se convirtió en el sistema de Sons Of Patriots SOP). Él explica que Ocelot voluntariamente utilizo la hipnosis, psicoterapia y nanomáquinas para asimilar la personalidad de Liquid Snake, con el fin de engañar al sistema y propagar la pelea entre los hijos de Big Boss. Luego, Big Boss, corta el respirador de Zero y le causa la muerte.

Big Boss revela que la inyección dada a Snake por Drebin en el Medio Oriente incluyó una nueva cepa de FOXDIE, creado por el proxy IA, con el fin de matar a todos los sobrevivientes de los traidores de los Patriots, eso explica la muerte de EVA y Ocelot. Big Boss también explico el mensaje de Naomi de que la nueva cepa FOXDIE ha neutralizado el FOXDIE antiguo, lo que significa que Snake ya no está en peligro de convertirse en un arma biológica, o sea no matara a toda la comunidad como lo estimaba Naomi en un principio. Después de decirle a Snake, Big Boss también revela que el nuevo FOXDIE ya lo está afectando, y que está siendo atacado por última vez por los Patriots a través de Solid Snake. Por último, hace la paz con Snake, le dice que lo lleve a la lapida de The Boss (hace un saludo idéntico en la lapida al visto al final de MGS3) y se fuma su último cigarrillo. Así muere el más grande soldado del siglo XX, a causa del nuevo virus FOXDIE que Snake lleva. Sus últimas palabras son: "Esto es bueno... ¿no?", refiriéndose al puro que se iba a fumar. Como sale en otro Metal Gear,el solo fuma puros cubanos.

En el diálogo post-créditos, Snake explica a Otacon que va a pasar sus días restantes simplemente tratando de vivir su vida y que también ha dejado de fumar. Otacon desea venir con él, a fin de la crónica de los últimos días de Solid Snake. Snake se niega inicialmente - pero con cierta persuasión luego permite que Otacon y Sunny lo acompañen hasta sus últimos días.